Републички завод је у периоду од 2005. до 2009. године наставио археолошка истраживања у манастиру Светог Николе у Бањи код Прибоја. Истражени су трем цркве Светог Николе, остаци цркве Светог Илије и остаци куле у северозападном делу манастирског обзиђа. Прелиминарни извештаји о резултатима истраживања објављени су у каталогу изложбе Свети Никола у Дабру, Прибој 2006.

Након тога наредна заштитна археолошка истраживања у манастиру Бањи код Прибоја обављена су између 06. јуна и 05. јула 2012. године. Њима је обухваћена спољна страна јужног обзиђа откривеног претходне године, када је утврђена његова линија простирања и фазе изградње. Дуж спољне стране оградног зида из 14. века, који је обновљен у 16. веку, простиру се објекти старији од ове средњовековне фазе, а који вероватно припадају манастирској целини из времена проглашења Светог Николе Дабарског за седиште епископије 1219/1220. године.

Ови објекти су страдали у изузетно великом и јаком пожару, када је изгорело и попуцало и камење у њиховим темељним стопама. Ради се о великим просторијама од којих једна има широко степениште на северној страни, према порти. То степениште је заједно са северним зидом објекта било је уклопљено у обнову из 14. века, док је обновом у 16. веку негирано. Констатовано је да је јужна ограда ове најстарије фазе манастирске целине, нажалост, уништена током пробијања локалног економског пута деведесетих година прошлог века.